Monitorare significa tenere sotto controllo i parametri ambientali e serve per assicurare alla popolazione che una determinata area non sia contaminata.
Il monitoraggio si fa lungo dei transetti, ossia aree perpendicolari alla costa.
I punti di campionamento sono posti in base allo sbalzo di profondità.
I parametri da tenere in considerazione per il monitoraggio sono:

• Salinità;
• Ossigeno;
• Temperatura;
• Colorazione e trasparenza;
• pH;
• Peso specifico.